มหาวิทยาลัยปทุมธานี ได้จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติสถาบันอุดมศึกษาเอกชน เมื่อวันที่ 27 ธันวาคม 2542 โดย ดร.ชนากานต์ ยืนยง เป็นผู้รับใบอนุญาต เพื่อวัตถุประสงค์ที่จะขยายโอกาสทางการศึกษาให้แก่เยาวชนในจังหวัดปทุมธานีและพื้นที่ใกล้เคียง โดยมุ่งเน้นสร้างความเป็นเลิศทางวิชาการและยึดมั่นในหลักแห่งคุณธรรม เพื่อความเจริญรุ่งเรืองและความมั่นคงของประเทศ
คณะวิศวกรรมศาสตร์และเทคโนโลยี
- สาขาวิชาวิศวกรรมเครื่องกล
- สาขาวิชาวิศวกรรมไฟฟ้า
- สาขาวิชาวิศวกรรมอุตสาหการ
- สาขาวิชาวิศวกรรมโยธา
- หลักสูตรวิศวกรรมศาสตรมหาบัณฑิต (M.Eng.)
- สาขาวิชาวิศวกรรมโยธา
- หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต (Ph.D.)
- สาขาวิชาวิศวกรรมศาสตร์
คณะศึกษาศาสตร์
- สาขาวิชาการท่องเที่ยวและการโรงแรม
- สาขาวิชาการศึกษาปฐมวัย
- สาขาวิชาพลศึกษา
- หลักสูตรศึกษาศาสตรมหาบัณฑิต (M.Ed.)
- สาขาวิชาการบริหารการศึกษา
- สาขาวิชาหลักสูตรและการสอน
- สาขาวิชานวัตกรรมการจัดการศึกษา
- หลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิตวิชาชีพครู (Grad.Dip.)
- หลักสูตรศึกษาศาสตรดุษฎีบัณฑิต (Ed.D.)
- สาขาวิชาการบริหารการศึกษา
คณะบริหารธุรกิจและการบัญชี
- สาขาวิชาคอมพิวเตอร์ธุรกิจ
- สาขาวิชาการจัดการ
- สาขาวิชาการจัดการโลจิสติกส์และซัพพลายเชน
- สาขาวิชาการบัญชี
- หลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต (M.B.A.)
- หลักสูตรบริหารธุรกิจดุษฎีบัณฑิต (D.B.A.)
คณะพยาบาลศาสตร์
- สาขาวิชาพยาบาลศาสตร์
- หลักสูตรประกาศนียบัตรผู้ช่วยพยาบาล
คณะนิติศาสตร์
- สาขาวิชานิติศาสตร์
- หลักสูตรนิติศาสตรมหาบัณฑิต (LL.M.)
- หลักสูตรนิติศาสตรดุษฎีบัณฑิต (LL.D.)
คณะสหเวชศาสตร์
- หลักสูตรสาธารสุขศาสตรบัณฑิต
- สาขาวิชาสาธารณสุขชุมชน
- หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต
- สาขาวิชาอาชีวอนามัยและความปลอดภัย
- สาขาวิทยาศาสตร์การกีฬาและการออกกำลังกาย
- สาขาเทคนิคการแพทย์
- หลักสูตรแพทย์แผนไทยบัณฑิต
- สาขาวิชาการแพทย์แผนไทย
- หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรมหาบัณฑิต
- สาขาวิชาการจัดการระบบสุขภาพ (M.P.H.)
- หลักสูตรการแพทย์แผนไทยมหาบัณฑิต (M.TM.)
คณะรัฐศาสตร์
- สาขาวิชารัฐศาสตร์
- หลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรมหาบัณฑิต (M.P.A.)
- หลักสูตรรัฐศาสตรมหาบัณฑิต (M.Pol.Sc.)
- หลักสูตรัฐประศาสนศาสตรดุษฎีบัณฑิต (D.P.A.)
- หลักสูตรรัฐศาสตรดุษฎีบัณฑิต (D.Pol.Sc.)