มหาวิทยาลัยปทุมธานี ได้จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติสถาบันอุดมศึกษาเอกชน เมื่อวันที่ 27 ธันวาคม 2542 โดย ดร.ชนากานต์ ยืนยง เป็นผู้รับใบอนุญาต เพื่อวัตถุประสงค์ที่จะขยายโอกาสทางการศึกษาให้แก่เยาวชนในจังหวัดปทุมธานีและพื้นที่ใกล้เคียง โดยมุ่งเน้นสร้างความเป็นเลิศทางวิชาการและยึดมั่นในหลักแห่งคุณธรรม เพื่อความเจริญรุ่งเรืองและความมั่นคงของประเทศ

คณะวิศวกรรมศาสตร์และเทคโนโลยี
- สาขาวิชาวิศวกรรมเครื่องกล
- สาขาวิชาวิศวกรรมไฟฟ้า
- สาขาวิชาวิศวกรรมอุตสาหการ
- สาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศ

คณะศิลปศาสตร์และศึกษาศาสตร์
- สาขาวิชาการท่องเที่ยวและการโรงแรม
- สาขาวิชาการศึกษาปฐมวัย ( หลักสูตร 5 ปี )
- สาขาวิชาวิทยาศาสตร์ทั่วไป ( หลักสูตร 5 ปี )
- สาขาวิชาการสอนอิสลาม
- หลักสูตรศึกษาศาสตรมหาบัณฑิต (M.Ed.)
- สาขาวิชาการบริหารการศึกษา
- สาขาวิชาหลักสูตรและการสอน
- หลักสูตรศึกษาศาสตรดุษฎีบัณฑิต (Ed.D.)
- สาขาวิชาการบริหารการศึกษา
- หลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต (M.A.)
- สาขาวิชาการพัฒนาการบริหาร
- หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต (Ph.D.)
- สาขาวิชาการพัฒนาการบริหาร

คณะบริหารธุรกิจและการบัญชี
- สาขาวิชาคอมพิวเตอร์ธุรกิจ
- สาขาวิชาการจัดการ
- สาขาวิชาการจัดการอุตสาหกรรมและโลจิสติกส์
- สาขาวิชาการบัญชี
- หลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต (MBA)
- หลักสูตรบริหารธุรกิจดุษฎีบัณฑิต (DBA)

คณะพยาบาลศาสตร์
- สาขาวิชาพยาบาลศาสตร์
- หลักสูตรประกาศนียบัตรผู้ช่วยพยาบาล

-
คณะนิติศาสตร์
- สาขาวิชานิติศาสตร์
- หลักสูตรนิติศาสตรมหาบัณฑิต (LL.M.)
- หลักสูตรนิติศาสตรดุษฎีบัณฑิต (LL.D.)

คณะสาธารณสุขศาสตร์และสิ่งแวดล้อม
- สาขาวิชาสาธารณสุขศาสตร์
- สาขาวิชาอาชีวอนามัยและความปลอดภัย
- สาขาวิชาอนามัยสิ่งแวดล้อม
- สาขาวิชาการแพทย์แผนไทย
- สาขาวิชาวิทยาศาสตร์การกีฬาและการออกกำลังกาย
- หลักสูตรสาธารณสุขศาสตรมหาบัณฑิต (M.P.H.)
- สาขาวิชาการจัดการระบบสุขภาพ

คณะรัฐศาสตร์
- สาขาวิชารัฐศาสตร์
- หลักสูตรรัฐประศาสนศาสตรมหาบัณฑิต (M.P.A.)
- หลักสูตรรัฐศาสตรมหาบัณฑิต (M.P.S.)
- หลักสูตรัฐประศาสนศาสตรดุษฎีบัณฑิต (D.P.A.)
- หลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต (Ph.D.)
- สาขาวิชาการบริหารการพัฒนาทรัพยากรมนุษย์